La investigación en el CEAB se inscribe en las siguientes líneas generales:
-DIVERSIDAD Y ECOLOGÍA DEL BENTOS MARINO: DE MOLÉCULAS A ECOSISTEMAS
-CIENCIAS MARINAS OPERACIONALES Y SOSTENIBILIDAD
-DINÁMICA LIMNOLÓGICA: INTERACCIONES A DIFERENTES ESCALAS ENTRE BIODIVERSIDAD Y BIOGEODINÁMICA.