Infraestructuras singulares
Laboratorio de Biología Computacional (CBLab)
El Laboratorio se crea como respuesta a la creciente demanda de capacidad de computación ligada a la I+D de frontera que se desarrolla en el CEAB y vinculada a distintos aspectos de la ecología.
Se dispone de un Clúster de computación de Alto Rendimiento (Clúster CAR) de uso común y compartido y que ha sido financiado por los recursos de infraestructura del propio centro y por el Ministerio de Economía y Competitividad.
Equipos y características:
La capacidad total del Clúster CAR es de 13 nodos de computación, que suman un total de 284 procesadores, 2671 GB de RAM y 65 TB de espacio de disco de alto rendimiento, aparte de 4 NAS de almacenamiento de varios proyectos de investigación vinculados al cluster de unos 43 TB de capacidad cada uno. Además, cuenta con cuatro servidores que suman un total de 72 «cores» y 312G de RAM por usos más allá de la computación (como máquinas virtuales y servidores relacionados con la formación y la transmisión de ciencia ciudadana)
Objetivos científicos:
1. Bioinformática y ecología molecular: potenciar estos campos en el CEAB, organizando, centralizando y actualizando periódicamente todo el software bioinformático que utiliza el centro, y aumentando las capacidades de cálculo.
2. Ecología teórica y computacional: potenciarla mediante el desarrollo e implementación de técnicas estadísticas, matemáticas y de simulación aplicadas a sistemas ecológicos. Aumentar la capacidad de cálculo, centralizar y actualizar software en R, Matlab o Python para realizar estudios teóricos y análisis estadísticos con alta demanda de recursos computacionales (ej. Bootstrapping).
3. Minería de datos y Knowledge Discovery in Databases (KDD): Facilitar y promover la utilización de todo tipo de técnicas propias del aprendizaje automático y la inteligencia artificial, como el descubrimiento de conocimiento en bases de datos (KDD), la minería de datos (Data Mining), y los sistemas expertos, organizando y centralizando software para ello y formando a los investigadores en estas disciplinas, que ya son imprescindibles en estudios de ecología avanzada.
4. Formación: Para sentar las bases de una ecología más cuantitativa y conceptualmente más sólida es necesario que las nuevas generaciones de ecólogos aprendan lenguajes de programación y entiendan el funcionamiento y la utilidad de un clúster CAR. Sin embargo, es necesaria la formación en disciplinas como la algorítmica y la minería de datos, la gestión de bases de datos, aplicaciones, SIG, etc. Este aprendizaje permite tener herramientas científicas más poderosas para resolver problemas complejos. En este sentido, el CBLab no sólo se limita al clúster CAR sino que pretende ser un laboratorio “vivo” con la implicación de técnicos de apoyo y de investigadores del centro, asesoría individual o en grupos, workshops interdisciplinares y otros. Todo ello con el objetivo de establecer puentes operativos entre teoría y empirismo y producir una ecología más cuantitativa e interdisciplinaria.
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