Infraestructures singulars
Laboratori de Biologia Computacional (CBLab)
El Laboratori es crea com a resposta a la creixent demanda de capacitat de computació lligada a la R+D de frontera que es desenvolupa al CEAB i vinculada a diferents aspectes de l’ecologia.
Es disposa d’un Clúster de computació d’Alt Rendiment (Clúster CAR) d’ús comú i compartit i que ha estat finançat pels recursos d’infraestructura del propi centre i pel Ministerio d’Economía y Competitividad.
Equips i característiques:
La capacitat total del Clúster CAR és de 13 nodes de computació, que sumen un total de 284 processadors, 2671 GB de RAM i 65 TB d’espai de disc d’alt rendiment, a banda de 4 NAS d’emmagatzematge de diversos projectes de recerca vinculats al clúster d’uns 43 TB de capacitat cadascun. A més, compta amb quatre servidors que sumen un total de 72 “cores” i 312G de RAM per usos més enllà de la computació (com ara màquines virtuals i servidors relacionats amb la formació i la transmissió de ciència ciutadana)
Objectius científics:
1. Bioinformàtica i ecologia molecular: potenciar aquests camps dins el CEAB, organitzant, centralitzant i actualitzant periòdicament tot el programari bioinformàtic que utilitza el centre, i augmentant les capacitats de càlcul.
2. Ecologia teòrica i computacional: potenciar-la mitjançant el desenvolupament i implementació de tècniques estadístiques, matemàtiques i de simulació aplicades a sistemes ecològics. Augmentar la capacitat de càlcul, centralitzar i actualitzar programari en R, Matlab o Python per realitzar estudis teòrics i anàlisis estadístics amb alta demanda de recursos computacionals (ex.: Bootstrapping).
3. Mineria de dades i Knowledge Discovery in Databases (KDD): Facilitar i promoure la utilització de tot tipus de tècniques pròpies de l’aprenentatge automàtic i la intel·ligència artificial, com el descobriment de coneixement en bases de dades (KDD), la mineria de dades (Data Mining), i els sistemes experts, organitzant i centralitzant programari per això i formant als investigadors en aquestes disciplines, que ja són imprescindibles en estudis d’ecologia avançada.
4. Formació: Per establir les bases d’una ecologia més quantitativa i conceptualment més sòlida és necessari que les noves generacions d’ecòlegs aprenguin llenguatges de programació i entenguin el funcionament i la utilitat d’un clúster CAR. Tanmateix, és necessària la formació en disciplines com l’algorítmica i la mineria de dades, la gestió de bases de dades, aplicacions, SIG, etc. Aquest aprenentatge permet tenir eines científiques més poderoses per resoldre problemes complexos. En aquest sentit, el CBLab no només es limita al clúster CAR sinó que pretén ser un laboratori “viu” amb la implicació de tècnics de suport i d’investigadors del centre, assessoria individual o en grups, workshops interdisciplinars i altres. Tot plegat, amb l’objectiu d’establir ponts operatius entre teoria i empirisme i produir una ecologia més quantitativa i interdisciplinària.
Informació per als usuaris
Contacte
